สามารถทำการเช็คอินภายในระยะเวลาตั้งแต่ 24 ชั่วโมงจนถึง 1 ชั่วโมง ก่อนเวลาเครื่องออก สามารถทำการเช็คอินได้ หลังจากทำการจองเที่ยวบินสมบูรณ์แล้ว 30 นาที สำหรับผู้โดยสารที่ต้องการการดูแลเป็นพิเศษ หรือมีข้อจำกัดในเรื่องที่นั่ง เช่น ผู้สูงอายุที่ต้องใช้รถเข็น สตรีมีครรภ์ ผู้โดยสารที่เดินทางพร้อมเด็กทารก เด็กเล็กที่เดินทางโดยลำพัง ผู้ป่วยหรือบุคคลทุพลภาพ และพระภิกษุสงฆ์ กรุณาใช้บริการเช็คอินที่เคาน์เตอร์นกแอร์ที่สนามบินตามปกติ วิธีเช็คอินผ่านช่องทางอื่น
ที่หน้าโฮมเพจของนกแอร์ บริเวณ “เช็คอินผ่านเว็บ” ระบุหมายเลขการจอง และนามสกุล จากนั้นคลิก "ดำเนินการต่อ"
การเช็คอินผ่านเว็บของท่านสำเร็จแล้ว ท่านสามารถพิมพ์ Boarding Pass ได้ โดยคลิกที่ "พิมพ์" หากต้องการเช็คอินผู้โดยสารท่านอื่น คลิก "ลงทะเบียนใหม่" เพื่อเข้าสู่หน้าแรกของระบบ